Atas prakarsa al-Maghfurlah Prof. KH. Ibrahim Hosen, LML. dan dukungan H.M. Joesoef Abdillah, Institut Ilmu Al-Qur’an (IIQ) Jakarta dapat berdiri pada tanggal 12 Rabiul Awwal 1397 H/ 1April 1977 M dibawah naungan Yayasan Affan, yang diketuai oleh H. Sulaiman Affan. Kemudian pada tahun 1983 didirikan Yayasan Institut Ilmu Al-Qur’an (YIIQ) yang menjadi naungan IIQ Jakarta melanjutkan Yayasan Affan sebelumnya.
Ketua Umum YIIQ yang pertama adalah Hj. Harwini Joesoef (periode 1983-2018). Sejak 1983, H.M. Joesoef Abdillah bersama Hj. Harwini Joesoef mewakafkan sebidang tanah di Jl. M. Toha No.31 Pamulang Timur Tangerang Selatan yang sampai saat ini menjadi Kampus II/ Pesantren Takhasus IIQ Jakarta. Kemudian sejak tahun 2018-sekarang, Ketua Umum Yayasan IIQ adalah Ir. H. Rully Chairul Azwar, M.Si., IPU.
Pada mulanya, Institut Ilmu Al-Qur’an (IIQ) Jakarta hanya membuka Program Magister khusus wanita dengan dukungan Pemerintah Daerah Tingkat I seluruh Indonesia untuk memenuhi kebutuhan tenaga khusus per-MTQ-an di berbagai Propinsi dan sebagai tenaga pengajar pada program Strata Satu (S1). Setelah meluluskan dua angkatan, IIQ Jakarta baru membuka program Sarjana (S1) pada tahun 1981 dan menyelenggarakan kembali program Magister (S2) tahun 1998.
Secara spesifik program S1 mendalami kajian dan pengembangan ilmu-ilmu Al-Qur’an serta bidang keilmuan yang sesuai dengan program studinya. Sementara Program Pascasarjana Magister (S2) pada tahun 2016 telah melakukan pengembangan menjalankan 3 (tiga) Program Studi baru; Hukum Ekonomi Syariah, Ilmu A-Qur;an dan Tafsir dan Pendidikan Agama Islam, bersamaan dengan dibuka dan diresmikannya Program Doktor (S3) Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir.
Institut Ilmu Al-Qur’an (IIQ) Jakarta merupakan lembaga pendidikan tinggi yang menggabungkan sistem pendidikan pesantren dan sistem pendidikan tinggi dengan tujuan untuk menghasilkan ulama/sarjana wanita yang hafal Al-Qur’an, intelek, berwawasan luas dan ahli di bidang Ulumul Qur’an agar mampu memberikan kontribusi pemahaman Islam yang menyeluruh kepada umat. Keberadaan IIQ Jakarta telah melahirkan qari’ah, hafizah, dan mufassirah yang mampu tampil di arena Musabaqah Tilawatil Qur’an (MTQ) Nasional maupun Internasional. Mahasiswa diwajibkan mengikuti mata kuliah Tahfizh, Tilawah/Nagham, Tafsir, Qira’at dan Ilmu Rasm Utsmani sebagai mata kuliah kekhususan IIQ.